I have aligned RNA-seq files using STAR with reference file Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.
I have created a dict file for the fasta file using CreateSequenceDictionary.
I have ordered my bam file relative to the fasta reference file using ReorderSam
I have ordered my vcf file using UpdateVcfSequenceDictionary followed by SortVcf.
I run
java -jar /scratch/ev250/bin/GenomeAnalysisTK.jar \
-R Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa \
-T ASEReadCounter \
-o chr$chr.$samp.csv \
-I Aligned.sortedByCoord.readgroup.out.reordered.bam \
-sites chr$chr.phased.with.ref.updated.sorted.vcf \
-nt 16 \
-U ALLOW_N_CIGAR_READSERROR MESSAGE: Lexicographically sorted human genome sequence detected in variant. Please see https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=1328 for more information. Error details: variant contigs = [1, 10, 11, 12, 13, 14, 15, ..]
this run was after following the steps in 1328 (reorder bam and vcf). The headings of the vcf, bam and fasta files are in the same order, see below.
Is it the issue that I need to sort my reference fasta file to 1,2,3.. etc. and then the bam and the vcf based on the sorted fasta?? Is there any tool for that??
thanks very much in advance!
head vcf
fileformat=VCFv4.2
FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Phased Genotype">
contig=<ID=1,length=249250621>
contig=<ID=10,length=135534747>
contig=<ID=11,length=135006516>
contig=<ID=12,length=133851895>
contig=<ID=13,length=115169878>
contig=<ID=14,length=107349540>
contig=<ID=15,length=102531392>
contig=<ID=16,length=90354753>
contig=<ID=17,length=81195210>
contig=<ID=18,length=78077248>
contig=<ID=19,length=59128983>
contig=<ID=2,length=243199373>
contig=<ID=20,length=63025520>
contig=<ID=21,length=48129895>
contig=<ID=22,length=51304566>
contig=<ID=3,length=198022430>
contig=<ID=4,length=191154276>
contig=<ID=5,length=180915260>
contig=<ID=6,length=171115067>
contig=<ID=7,length=159138663>
contig=<ID=8,length=146364022>
contig=<ID=9,length=141213431>
contig=<ID=MT,length=16569>
contig=<ID=X,length=155270560>
contig=<ID=Y,length=59373566>
contig=<ID=GL000192.1,length=547496>
contig=<ID=GL000225.1,length=211173>
contig=<ID=GL000194.1,length=191469>
contig=<ID=GL000193.1,length=189789>
contig=<ID=GL000200.1,length=187035>
contig=<ID=GL000222.1,length=186861>
contig=<ID=GL000212.1,length=186858>
contig=<ID=GL000195.1,length=182896>
contig=<ID=GL000223.1,length=180455>
contig=<ID=GL000224.1,length=179693>
contig=<ID=GL000219.1,length=179198>
contig=<ID=GL000205.1,length=174588>
contig=<ID=GL000215.1,length=172545>
contig=<ID=GL000216.1,length=172294>
contig=<ID=GL000217.1,length=172149>
contig=<ID=GL000199.1,length=169874>
contig=<ID=GL000211.1,length=166566>
contig=<ID=GL000213.1,length=164239>
contig=<ID=GL000220.1,length=161802>
contig=<ID=GL000218.1,length=161147>
contig=<ID=GL000209.1,length=159169>
contig=<ID=GL000221.1,length=155397>
contig=<ID=GL000214.1,length=137718>
contig=<ID=GL000228.1,length=129120>
contig=<ID=GL000227.1,length=128374>
contig=<ID=GL000191.1,length=106433>
contig=<ID=GL000208.1,length=92689>
contig=<ID=GL000198.1,length=90085>
contig=<ID=GL000204.1,length=81310>
contig=<ID=GL000233.1,length=45941>
contig=<ID=GL000237.1,length=45867>
contig=<ID=GL000230.1,length=43691>
contig=<ID=GL000242.1,length=43523>
contig=<ID=GL000243.1,length=43341>
contig=<ID=GL000241.1,length=42152>
contig=<ID=GL000236.1,length=41934>
contig=<ID=GL000240.1,length=41933>
contig=<ID=GL000206.1,length=41001>
contig=<ID=GL000232.1,length=40652>
contig=<ID=GL000234.1,length=40531>
contig=<ID=GL000202.1,length=40103>
contig=<ID=GL000238.1,length=39939>
contig=<ID=GL000244.1,length=39929>
contig=<ID=GL000248.1,length=39786>
contig=<ID=GL000196.1,length=38914>
contig=<ID=GL000249.1,length=38502>
contig=<ID=GL000246.1,length=38154>
contig=<ID=GL000203.1,length=37498>
contig=<ID=GL000197.1,length=37175>
contig=<ID=GL000245.1,length=36651>
contig=<ID=GL000247.1,length=36422>
contig=<ID=GL000201.1,length=36148>
contig=<ID=GL000235.1,length=34474>
contig=<ID=GL000239.1,length=33824>
contig=<ID=GL000210.1,length=27682>
contig=<ID=GL000231.1,length=27386>
contig=<ID=GL000229.1,length=19913>
contig=<ID=GL000226.1,length=15008>
contig=<ID=GL000207.1,length=4262>
fileDate=13042017_10h27m02s
head bam file
@HD VN:1.5 SO:coordinate
@SQ SN:1 LN:249250621
@SQ SN:10 LN:135534747
@SQ SN:11 LN:135006516
@SQ SN:12 LN:133851895
@SQ SN:13 LN:115169878
@SQ SN:14 LN:107349540
@SQ SN:15 LN:102531392
@SQ SN:16 LN:90354753
@SQ SN:17 LN:81195210
@SQ SN:18 LN:78077248
@SQ SN:19 LN:59128983
@SQ SN:2 LN:243199373
@SQ SN:20 LN:63025520
@SQ SN:21 LN:48129895
@SQ SN:22 LN:51304566
@SQ SN:3 LN:198022430
@SQ SN:4 LN:191154276
@SQ SN:5 LN:180915260
@SQ SN:6 LN:171115067
@SQ SN:7 LN:159138663
@SQ SN:8 LN:146364022
@SQ SN:9 LN:141213431
@SQ SN:MT LN:16569
@SQ SN:X LN:155270560
@SQ SN:Y LN:59373566
@SQ SN:GL000192.1 LN:547496
@SQ SN:GL000225.1 LN:211173
@SQ SN:GL000194.1 LN:191469
@SQ SN:GL000193.1 LN:189789
@SQ SN:GL000200.1 LN:187035
@SQ SN:GL000222.1 LN:186861
@SQ SN:GL000212.1 LN:186858
@SQ SN:GL000195.1 LN:182896
@SQ SN:GL000223.1 LN:180455
@SQ SN:GL000224.1 LN:179693
@SQ SN:GL000219.1 LN:179198
@SQ SN:GL000205.1 LN:174588
@SQ SN:GL000215.1 LN:172545
@SQ SN:GL000216.1 LN:172294
@SQ SN:GL000217.1 LN:172149
@SQ SN:GL000199.1 LN:169874
@SQ SN:GL000211.1 LN:166566
@SQ SN:GL000213.1 LN:164239
@SQ SN:GL000220.1 LN:161802
@SQ SN:GL000218.1 LN:161147
@SQ SN:GL000209.1 LN:159169
@SQ SN:GL000221.1 LN:155397
@SQ SN:GL000214.1 LN:137718
@SQ SN:GL000228.1 LN:129120
@SQ SN:GL000227.1 LN:128374
@SQ SN:GL000191.1 LN:106433
@SQ SN:GL000208.1 LN:92689
@SQ SN:GL000198.1 LN:90085
@SQ SN:GL000204.1 LN:81310
@SQ SN:GL000233.1 LN:45941
@SQ SN:GL000237.1 LN:45867
@SQ SN:GL000230.1 LN:43691
@SQ SN:GL000242.1 LN:43523
@SQ SN:GL000243.1 LN:43341
@SQ SN:GL000241.1 LN:42152
@SQ SN:GL000236.1 LN:41934
@SQ SN:GL000240.1 LN:41933
@SQ SN:GL000206.1 LN:41001
@SQ SN:GL000232.1 LN:40652
@SQ SN:GL000234.1 LN:40531
@SQ SN:GL000202.1 LN:40103
@SQ SN:GL000238.1 LN:39939
@SQ SN:GL000244.1 LN:39929
@SQ SN:GL000248.1 LN:39786
@SQ SN:GL000196.1 LN:38914
@SQ SN:GL000249.1 LN:38502
@SQ SN:GL000246.1 LN:38154
@SQ SN:GL000203.1 LN:37498
@SQ SN:GL000197.1 LN:37175
@SQ SN:GL000245.1 LN:36651
@SQ SN:GL000247.1 LN:36422
@SQ SN:GL000201.1 LN:36148
@SQ SN:GL000235.1 LN:34474
@SQ SN:GL000239.1 LN:33824
@SQ SN:GL000210.1 LN:27682
@SQ SN:GL000231.1 LN:27386
@SQ SN:GL000229.1 LN:19913
@SQ SN:GL000226.1 LN:15008
@SQ SN:GL000207.1 LN:4262
@RG ID:run0197.lane1 LB:A048 PL:illumina SM:A048 PU:index3
fasta dict (first 5 fields)
@HD VN:1.5
@SQ SN:1 LN:249250621 M5:1b22b98cdeb4a9304cb5d48026a85128
@SQ SN:10 LN:135534747 M5:988c28e000e84c26d552359af1ea2e1d
@SQ SN:11 LN:135006516 M5:98c59049a2df285c76ffb1c6db8f8b96
@SQ SN:12 LN:133851895 M5:51851ac0e1a115847ad36449b0015864
@SQ SN:13 LN:115169878 M5:283f8d7892baa81b510a015719ca7b0b
@SQ SN:14 LN:107349540 M5:98f3cae32b2a2e9524bc19813927542e
@SQ SN:15 LN:102531392 M5:e5645a794a8238215b2cd77acb95a078
@SQ SN:16 LN:90354753 M5:fc9b1a7b42b97a864f56b348b06095e6
@SQ SN:17 LN:81195210 M5:351f64d4f4f9ddd45b35336ad97aa6de
@SQ SN:18 LN:78077248 M5:b15d4b2d29dde9d3e4f93d1d0f2cbc9c
@SQ SN:19 LN:59128983 M5:1aacd71f30db8e561810913e0b72636d
@SQ SN:2 LN:243199373 M5:a0d9851da00400dec1098a9255ac712e
@SQ SN:20 LN:63025520 M5:0dec9660ec1efaaf33281c0d5ea2560f
@SQ SN:21 LN:48129895 M5:2979a6085bfe28e3ad6f552f361ed74d
@SQ SN:22 LN:51304566 M5:a718acaa6135fdca8357d5bfe94211dd
@SQ SN:3 LN:198022430 M5:641e4338fa8d52a5b781bd2a2c08d3c3
@SQ SN:4 LN:191154276 M5:23dccd106897542ad87d2765d28a19a1
@SQ SN:5 LN:180915260 M5:0740173db9ffd264d728f32784845cd7
@SQ SN:6 LN:171115067 M5:1d3a93a248d92a729ee764823acbbc6b
@SQ SN:7 LN:159138663 M5:618366e953d6aaad97dbe4777c29375e
@SQ SN:8 LN:146364022 M5:96f514a9929e410c6651697bded59aec
@SQ SN:9 LN:141213431 M5:3e273117f15e0a400f01055d9f393768
@SQ SN:MT LN:16569 M5:c68f52674c9fb33aef52dcf399755519
@SQ SN:X LN:155270560 M5:7e0e2e580297b7764e31dbc80c2540dd
@SQ SN:Y LN:59373566 M5:1fa3474750af0948bdf97d5a0ee52e51
@SQ SN:GL000192.1 LN:547496 M5:325ba9e808f669dfeee210fdd7b470ac
@SQ SN:GL000225.1 LN:211173 M5:63945c3e6962f28ffd469719a747e73c
@SQ SN:GL000194.1 LN:191469 M5:6ac8f815bf8e845bb3031b73f812c012
@SQ SN:GL000193.1 LN:189789 M5:dbb6e8ece0b5de29da56601613007c2a
@SQ SN:GL000200.1 LN:187035 M5:75e4c8d17cd4addf3917d1703cacaf25
@SQ SN:GL000222.1 LN:186861 M5:6fe9abac455169f50470f5a6b01d0f59
@SQ SN:GL000212.1 LN:186858 M5:563531689f3dbd691331fd6c5730a88b
@SQ SN:GL000195.1 LN:182896 M5:5d9ec007868d517e73543b005ba48535
@SQ SN:GL000223.1 LN:180455 M5:399dfa03bf32022ab52a846f7ca35b30
@SQ SN:GL000224.1 LN:179693 M5:d5b2fc04f6b41b212a4198a07f450e20
@SQ SN:GL000219.1 LN:179198 M5:f977edd13bac459cb2ed4a5457dba1b3
@SQ SN:GL000205.1 LN:174588 M5:d22441398d99caf673e9afb9a1908ec5
@SQ SN:GL000215.1 LN:172545 M5:5eb3b418480ae67a997957c909375a73
@SQ SN:GL000216.1 LN:172294 M5:642a232d91c486ac339263820aef7fe0
@SQ SN:GL000217.1 LN:172149 M5:6d243e18dea1945fb7f2517615b8f52e
@SQ SN:GL000199.1 LN:169874 M5:569af3b73522fab4b40995ae4944e78e
@SQ SN:GL000211.1 LN:166566 M5:7daaa45c66b288847b9b32b964e623d3
@SQ SN:GL000213.1 LN:164239 M5:9d424fdcc98866650b58f004080a992a
@SQ SN:GL000220.1 LN:161802 M5:fc35de963c57bf7648429e6454f1c9db
@SQ SN:GL000218.1 LN:161147 M5:1d708b54644c26c7e01c2dad5426d38c
@SQ SN:GL000209.1 LN:159169 M5:f40598e2a5a6b26e84a3775e0d1e2c81
@SQ SN:GL000221.1 LN:155397 M5:3238fb74ea87ae857f9c7508d315babb
@SQ SN:GL000214.1 LN:137718 M5:46c2032c37f2ed899eb41c0473319a69
@SQ SN:GL000228.1 LN:129120 M5:c5a17c97e2c1a0b6a9cc5a6b064b714f
@SQ SN:GL000227.1 LN:128374 M5:a4aead23f8053f2655e468bcc6ecdceb
@SQ SN:GL000191.1 LN:106433 M5:d75b436f50a8214ee9c2a51d30b2c2cc
@SQ SN:GL000208.1 LN:92689 M5:aa81be49bf3fe63a79bdc6a6f279abf6
@SQ SN:GL000198.1 LN:90085 M5:868e7784040da90d900d2d1b667a1383
@SQ SN:GL000204.1 LN:81310 M5:efc49c871536fa8d79cb0a06fa739722
@SQ SN:GL000233.1 LN:45941 M5:7fed60298a8d62ff808b74b6ce820001
@SQ SN:GL000237.1 LN:45867 M5:e0c82e7751df73f4f6d0ed30cdc853c0
@SQ SN:GL000230.1 LN:43691 M5:b4eb71ee878d3706246b7c1dbef69299
@SQ SN:GL000242.1 LN:43523 M5:2f8694fc47576bc81b5fe9e7de0ba49e
@SQ SN:GL000243.1 LN:43341 M5:cc34279a7e353136741c9fce79bc4396
@SQ SN:GL000241.1 LN:42152 M5:ef4258cdc5a45c206cea8fc3e1d858cf
@SQ SN:GL000236.1 LN:41934 M5:fdcd739913efa1fdc64b6c0cd7016779
@SQ SN:GL000240.1 LN:41933 M5:445a86173da9f237d7bcf41c6cb8cc62
@SQ SN:GL000206.1 LN:41001 M5:43f69e423533e948bfae5ce1d45bd3f1
@SQ SN:GL000232.1 LN:40652 M5:3e06b6741061ad93a8587531307057d8
@SQ SN:GL000234.1 LN:40531 M5:93f998536b61a56fd0ff47322a911d4b
@SQ SN:GL000202.1 LN:40103 M5:06cbf126247d89664a4faebad130fe9c
@SQ SN:GL000238.1 LN:39939 M5:131b1efc3270cc838686b54e7c34b17b
@SQ SN:GL000244.1 LN:39929 M5:0996b4475f353ca98bacb756ac479140
@SQ SN:GL000248.1 LN:39786 M5:5a8e43bec9be36c7b49c84d585107776
@SQ SN:GL000196.1 LN:38914 M5:d92206d1bb4c3b4019c43c0875c06dc0
@SQ SN:GL000249.1 LN:38502 M5:1d78abec37c15fe29a275eb08d5af236
@SQ SN:GL000246.1 LN:38154 M5:e4afcd31912af9d9c2546acf1cb23af2
@SQ SN:GL000203.1 LN:37498 M5:96358c325fe0e70bee73436e8bb14dbd
@SQ SN:GL000197.1 LN:37175 M5:6f5efdd36643a9b8c8ccad6f2f1edc7b
@SQ SN:GL000245.1 LN:36651 M5:89bc61960f37d94abf0df2d481ada0ec
@SQ SN:GL000247.1 LN:36422 M5:7de00226bb7df1c57276ca6baabafd15
@SQ SN:GL000201.1 LN:36148 M5:dfb7e7ec60ffdcb85cb359ea28454ee9
@SQ SN:GL000235.1 LN:34474 M5:118a25ca210cfbcdfb6c2ebb249f9680
@SQ SN:GL000239.1 LN:33824 M5:99795f15702caec4fa1c4e15f8a29c07
@SQ SN:GL000210.1 LN:27682 M5:851106a74238044126131ce2a8e5847c
@SQ SN:GL000231.1 LN:27386 M5:ba8882ce3a1efa2080e5d29b956568a4
@SQ SN:GL000229.1 LN:19913 M5:d0f40ec87de311d8e715b52e4c7062e1
@SQ SN:GL000226.1 LN:15008 M5:1c1b2cd1fccbc0a99b6a447fa24d1504
@SQ SN:GL000207.1 LN:4262 M5:f3814841f1939d3ca19072d9e89f3fd7