Why veiw the bam by samtools, there is snp variation on one position,but in the final vcf file, there is no variation result on that position.
please kindly see the following sample NA12878-580ng-2 for example.
run.sh:
/share/bin/samtools tview -p chr10:101124187 -d T outdir2/Upload/Alignment/NA12878-580ng-1/NA12878-580ng-1.rmdup.bam >NA12878-580ng-1.chr10_101124187
/share/bin/samtools tview -p chr10:101124187 -d T outdir2/Upload/Alignment/NA12878-580ng-2/NA12878-580ng-2.rmdup.bam >NA12878-580ng-2.chr10_101124187
$more NA12878-580ng-1.chr10_101124187
101124191 101124201 101124211 101124221 101124231 101124241 101124251
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
T gaggttggtaaggaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTT ttaaggaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTT aggaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGG ggaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGGT ggaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGT gaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
GGGAGGTTGGTAAG AAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAG aggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGGTAAGG aggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
GGGAGGTTGGTAAGG ggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGGTAAGG cttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
tggaggttggtaagg cttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
GGGGGGTTGGTAAGGA TTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAA tcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCC CGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCC GCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCT CTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCT ctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTT tttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
tggaggttggtaaggaaggccttc TTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGGGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCT TGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCCTGACCCCTGCT
GGGGGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTT aaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
tggaggttggtaaggaaggccttcgctt AAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTT AATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
TGGAGGTTGGTAAGGAAGCCCTTCGCTTT aatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactgct
tggaggttggtaaggaaggccttcgcttt ATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTGCT
...
...
...
$more NA12878-580ng-2.chr10_101124187
101124191 101124201 101124211 101124221 101124231 101124241 101124251
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
TGGAGGTTG GTAAGG AAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
t GAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGgaggttggtaaggaaggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGGAGGTTGG AAGGAAGGCCTTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGGAGGTTGGTAAG ggccttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
TGGAGGTTGGTAAG cttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
TGGAGGTTGGTAAGGA cttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
TGGAGGTTGGTAAGGAA cttcgctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
tggaggttggtaaggaag TTCGCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
tggaggttggtaaggaaggcc GCTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
GGGGGGTTGGTAAGGAAGGCCT gctttgaaaatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
tggaggttggtaaggaaggccttcg TTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
tggaggttggtaaggaaggccttc CTTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGGCGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCG TTTGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGC TGCAAATAGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCACAGCCATCATGACCACTG
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGC TGAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCT GAAAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
tggaggttggtaaggaaggccttcgcttt AAATGGAGCCTTTACTTACTATGGCGTCCCAGCCATCATGACCACTG
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGA aatggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
TGGAGGTTGGTAAGGAAGGCCTTCGCTTTGAA ggagcctttacttactatggcgtcccagccatcatgaccactg
....
....
.....
$grep 101124187 result/NA12878-580ng-1/result_variation/snp/NA12878-580ng-1.snp.vcf.xls
chr10 101124187 . T G 90.77 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.053;DP=109;Dels=0.00;ExcessHet=3.0103;FS=21.068;HaplotypeScore=20.9861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.249;QD=0.83;ReadPosRankSum=2.098;SOR=4.092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,11:109:99:119,0,3607
$grep 101124187 result/NA12878-580ng-2/result_variation/snp/NA12878-580ng-2.snp.vcf.xls
PS :here there is no record in vcf file for this position chr10:101124187
Looking forward to your answers, thanks